当前，我国资源约束趋紧、生态环境恶化趋势尚未得到根本扭转，保护生态环境刻不容缓。党的十八大作出了大力推进生态文明建设的战略部署，要求建立生态保护补偿机制。
2016年5月，国务院办公厅印发《关于健全生态保护补偿机制的意见》，提出推动在京津冀水源涵养区、广西广东九洲江、福建广东汀江—韩江、江西广东东江、云南贵州广西广东西江等开展跨地区生态保护补偿试点，泛珠境内有四个试点。《意见》提出，到2020年，实现水流重点领域和禁止开发区域、重点生态功能区等重要区域生态保护补偿全覆盖。
泛珠区域4省区建立生态补偿机制共出资16亿
目前，广东与广西、福建、江西分别签署了汀江—韩江流域、九洲江流域水环境补偿协议，标志着3个流域建立了跨省界上下游横向生态补偿机制。
以上三个流域均以《地表水环境质量标准》(GB3838-2002)表1中pH值、高锰酸盐指数、氨氮、总磷、五日生化需氧量5项作为流域跨省界断面水质考核依据，目标为水质年均值达到Ⅲ类标准水质达标率并逐年改善。中央财政依据考核目标完成情况确定奖励资金。
生态补偿成效显著 水质不断改善
汀江—韩江流域的生态补偿机制确立后，补偿范围内的市区纷纷出台了汀江流域生态环境保护与治理总体实施方案，实施数个治理项目。生态补偿机制确立半年后，根据广东省监测数据，2016年汀江断面(占来水量的80%，下同)水质年均值为Ⅱ类，达标率100%;梅潭江(占10%)水质年均值(7-12月)为Ⅱ类，达标率100%;石窟河断面(占9%)水质年均值(6-12月)为Ⅲ类，达标率71.4%;汀江出省水质状况良好。
九洲江在协议签订后，主干流禁养区内已全部清拆养殖场846家，补偿金额共计7598万元;支流禁养区已清拆养殖场238家，补偿金额1993.1万元;建成10个污水处理厂;建成一批生活垃圾中转站;对污染企业进行“一厂一案”整治。九洲江水质总体呈逐步改善趋势，粤桂跨省交界断面水质从Ⅳ、Ⅴ类，改善到基本达地表水Ⅲ类标准。在丰水期，来自广东石角桥断面的监测数据显示，九洲江各项指标均优于地表水Ⅲ类标准。
《东江流域上下游横向生态补偿协议》签署后，广东惠州市推进全面落实“河长制”;投入100亿元整治市区15条河涌;17年上半年清理养猪场90个、9万头，并确保潼湖流域“零养殖”。在粤赣的共同治理下， 2016年定南水庙咀里断面水质年均值为Ⅱ类，达标率为100%;寻乌水兴宁电站断面水质年均值为Ⅲ类，达标率为83.3%。与2015年相比，定南水水质保持稳定优良，寻乌水水质达标比例较同期上升了8.3%。
创新推动流域治理
广东与福建、广西分别签署的汀江—韩江流域、九洲江流域水环境补偿协议，有不少创新之处，如采用双指标考核，既考核年达标率，也考核每月达标率;既考核污染物浓度，又考核水质达标率;实行“双向补偿”原则，即以双方确定的水质监测数据作为考核依据，当上游来水水质稳定达标或改善时，由下游拨付资金补偿上游;反之，若上游水质恶化，则由上游赔偿下游，上下游两省共同推进跨省界水体综合整治;若河流断面未完全达到年度考核目标的，将按达标河流来水量比例和不达标河流来水量比例计算补偿金额。效果明显。
高层面的督导监测。生态补偿有国家层面的制度支撑和督办，由中国环境监测总站组织流域上下游省(区)开展联合监测，并在跨界断面建设完善国家直管水质自动监测站，考核断面手工监测与水质自动站监测数据相互补充、印证，以中国环境监测总站确定的水质监测指标作为考核依据。避免了以往缺少更高层面监督导致治理难以取得实质进展的情况。
创新补偿方式。2016年，广东省政府办公厅印发了《关于健全生态保护补偿机制的实施意见》，鼓励受益地区与保护生态地区、流域下游与上游通过资金补偿、对口协作、产业转移、人才培训和共建园区等创新多种方式建立横向补偿管理。
建立新联系制度。以实施跨省生态补偿为契机，2017年3月，广东省环保厅提请广东省政府建立粤、闽、赣、湘、桂五省区跨省流域水环境治理工作协商会议制度。目前，正在征求有关单位意见。
生态补偿与脱贫攻坚相结合
大多数生态功能区为了保护生态环境，依山傍水却不能“吃山吃水”，放弃了很多高污染的经济发展方式。《关于对东江源生态环境保护的专题调研报告》中有这样一段阐述：赣南同胞主动放弃了许多发展机会和经济利益。赣江和东江源头县撤办工业园，近5年关闭和搬迁了2500多家企业，拒绝对环境有破坏或污染的产业投资项目3150多个，涉及资金上千亿元;为退果还林，源区县的果农忍痛砍掉了近40万亩、1900余万株丰产期的果树，不仅地方减少了财政收入，群众家庭收入也受到直接影响。
《意见》明确提出，生态保护补偿资金按照要求向贫困地区倾斜、向建档立卡贫困人口倾斜。大多数生态功能区也是贫困人口比较集中的地区，有专家调研后发现，东江源头与下游末端城乡GDP的差距达116倍，并且从下游到上游逐渐递减。
生态问题和贫困问题相互交织，生态保护补偿有利于拓宽贫困人口增收渠道。相关的重大生态修复工程也能带动当地经济的发展。粤桂两省区在实施珠江-西江经济带发展规划中，把实施重大生态修复工程作为推动经济带发展的优先项目。
在生态补偿金的支持下，广西玉林市这两年来在九洲江治理上“下狠劲”。划定九洲江干流和重要支流沿岸200米以内为禁养区，清拆养猪场1405家，清理生猪23.11万头，发放补偿资金1.28亿元。引导九洲江沿岸农民由养殖业向中草药等高效生态种植业转变，从根本上逐步解决经济发展和农民增收的出路问题，促进环境与经济协调融合发展。
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