经济学的女博士
1986年，孙祁祥硕士毕业后留校任教。1988年10月，她的一篇学术征文被“全国理论界纪念‘十一届三中全会’十周年”的会议选中。她去武汉参会，偶遇北大教授萧灼基先生。萧先生询问了她的硕士论文题目、学习情况和工作经历后说：“你考我的博士怎么样？”
萧先生的邀请让孙祁祥心动。家人也非常支持。于是她决定考博。短短几个月里，除了教课，几乎所有时间她都用来备考。最终以优异成绩考入北大经济学院，师从萧先生攻读“经济发展战略”方向的博士研究生。这一年，萧先生只招了她一个，她由此成为北大新学位制度实施以来培养的首个经济学类的女博士。
读博期间，孙祁祥勤于读书写作，成果颇丰，荣膺“首届北大研究生学术十佳”称号。萧先生作为导师代表参加颁奖典礼时高兴地说：“孙祁祥，你轻轻松松就拿到了博士学位，而且还让我这个导师沾了你这个学生的光。”
1992年，孙祁祥博士毕业。她选择了留校任教。次年，北大经济学院新增保险学专业，院里决定由她出任主任。
1995年，孙祁祥从国外学习回来。多家公司和政府部门“挖”她，但她还是选择留在了北大。为了充分发挥北大经济学院在保险学教育和研究方面的优势，2003年，她创立了北大中国保险与社会保障研究中心并任主任。在她带领下，中心连续3次蝉联北大文科优秀科研机构的称号，在保险与社会保障领域发挥着重要的学术交流、国际合作和智库的作用。她撰写的《保险学》为教育部向全国高校推荐教材、普通高等教育“十五”、“十一五”、“十二五”国家级规划教材，荣获“中国大学出版社图书奖优秀教材一等奖”。她所主持教授的《保险学原理》荣获“国家精品课程奖”。她的许多研究成果被政府部门采纳，成为政策制定的依据。她是国务院政府特殊津贴获得者、国家社科基金重大项目的首席专家，先后获得“北京大学最受学生爱戴的‘十佳’教师”、“中国经济女性年度人物”、“中国保险年度人物”、“全国三八红旗手”等荣誉。
2014年6月，在国际保险学会第50届年会上，孙祁祥因其杰出的学术成就及对保险业的贡献，荣膺国际保险界最高奖——“约翰·毕克利奖”。其评奖委员会每年在全球范围内推选出一位获奖者。孙祁祥是自该奖1972年设立以来首位获此殊荣的中国大陆学者，也是有此奖项设立以来的唯一女性获奖者。
很出色的女院长
24年过去，孙祁祥从一名讲师成为教授。2010年，她出任北大经济学院院长，成为百余年经院历史上第一位女院长。
大学毕业后，她有许多在外人看来相当不错的“从政”或者“从商”的机会，但她从未改变过当教师的初衷。她在就任院长的大会上说：“院长，是一个头衔、一个岗位，但对我来说，这更是一份信任、一份责任、一个使命、一个担当。我和我的团队深感荣幸和责任重大。因为我们要服务的是一个有着百年历史的、一个在中国最早建立经济学科的、一个声名卓著的学院。”
在任院长的首个任期内，孙祁祥带领全院师生勤奋工作。院班子换届时，北大社科部组织校内外专家评估、师生座谈、校友访谈、个别访谈，得出结论：“经济学院领导班子团结进取，在学科建设、队伍建设、教学科研、社会服务、管理服务诸多方面取得了突出的成就和业绩。学院领导班子以先进的办学理念和全球化的宽广视野，确立了科学的发展目标和清晰的发展思路，定位准确，推进措施切实有力，成效明显。”
2014年，孙祁祥开始了院长的第二个任期。“能有机会为这所百年学府做力所能及的工作，是我莫大的荣幸！”她希望“接过前辈的接力棒，继承他们爱国、开拓、实干、奉献的精神，延续经院辉煌的历史。”