调任财政部五年后，吴奇修完成第一次内部转岗：由财政部监督检查局局长转任农业司司长，同时兼任国务院农村综合改革工作小组办公室主任。
时刻新闻从财政部官网获悉，农业司司长兼国务院农村综合改革工作小组办公室主任已由吴奇修担任。吴奇修也以新身份密集开展公务活动。4月20日，在 财政部农业司联合干部教育中心财政支农政策培训班上作主题报告;4月22日，率队在江苏省丹阳市、句容市就现代农业建设及美丽乡村建设等情况进行调研;4 月26日，国家农业信贷担保联盟有限责任公司股东会第一次会议在京召开，吴奇修代表财政部出席会议。
吴奇修生于1966年6月，湖南涟源人，1987年从北京大学毕业后，即回到家乡涟源工作。先后任涟源市委驻贫困村扶贫工作组组长，涟源市计委副主 任，涟源市茅塘镇党委副书记，茅塘镇石门村党支部书记，涟源市政府党组成员、市长助理，涟源市石门农村改革试验区党委书记、管委会主任;娄底市发展计划委员会副主任等职。
2002年12月开始，吴奇修先后任共青团娄底市委书记，冷水江市委副书记、市长，共青团湖南省委书记，湖南省粮食局局长，湘潭市委副书记、市长。
2010年秋天，中组部组织规模空前的央地干部交流任职。从中央和国家机关选拔出的66名中青年干部赴地方任职，同时有63名来自各省市区的厅局级干部到中央和国家机关工作。吴奇修就是其中一员。他从湘潭市委副书记、市长任上，赴财政部担任监督检查局局长。
